عبداللطيف پيش از تاليف كتاب حاضر، نسخه‌اي از مثنوي را با مقابله با هشتاد دست‌نويس روزگارش فراهم آورده و نسخه ناسخه ناميده است كه احتمالا بايد آن را اولين تصحيح مثنوي دانست. در واقع لطايف‌المعنوي من حقايق المثنوي مجموع حاشيه‌هايي است كه او بر نسخه ناسخه نگاشته و بعدها آن‌ها را با اضافاتي در يك اثر جدا جمع كرده است. اين اثر او، اولين شرح از سلسله شرح‌هاي مثنوي است كه در سده‌هاي يازدهم و دوازدهم در شبه قاره نوشته شده و تقريبا همه شارحان بعد از او آن را پيش چشم داشته‌اند.