کلاس نابغه‌ها داستان دانش‌آموزان يک کلاس از دبيرستان متروپوليتن توکيتو است. دبيرستاني که فقط بهترين دانش‌آموزان سراسر ژاپن به آنجا راه پيدا مي‌کنند. دانش‌آموزان آزاد هستند که هرکاري دلشان مي‌خواهد بکنند ولي به شرطي که در پايان سال رتبه کلاسشان بهتر از بقيه کلاس‌ها باشد.