سال 1901 در بيست و نهمين ولايت امپراتوري رو به زوال عثماني، جزيره مينگر، طاعون شايع مي‌شود. پادشاه عبدالحميد براي جلوگيري از شيوع طاعون از مينگر به اروپا، سربازرس بهداشت و سلامت، بونکوفسکي پاشا، و پس از او دکتر نوري جوان ولي با تجربه را که به تازگي با برادرزاده پادشاه، پاکيزه سلطان، ازدواج کرده، به جزيره مي فرستد. پاکيزه سلطان دختر پادشاه قبلي، مراد پنجم، است و کل زندگي‌اش را در کاخ زنداني بوده؛ به همراه پدر و خواهران و برادر و زنان حرمسرا و حالا براي اولين بار از کاخ بيرون مي‌آيد و به همراه همسرش به مينگر مي‌رود. در جزيره، سرگرد جوان و ميهن‌پرستي به نام کاميل که عاشق دختري به نام زينب مي‌شود، با والي جزيره، سامي پاشا، و دکتر نوري هم پيمان مي‌شود براي مبارزه با طاعون، سنت‌هاي غلط، خانقاه‌هاي عصيانگر، تندروهاي مذهبي و آناني که قدرت علم و ضرورت قرنطينه را باور ندارند. شب‌هاي طاعون حکايت عشق و دلدادگي، کوشش و مبارزه، اميدواري و نااميدي، ميهن پرستي و تلاش براي زنده ماندن در تاريک‌ترين روزهاي مينگر است.