در کتاب داستان پيامبران در کليات شمس نويسنده به شرح و تفسير عرفاني داستان‌ها در غزل‌هاي مولوي پرداخته است. اين کتاب داستان‌هاي آدم، ابراهيم، ادريس، ايوب، جرجيس، خضر، الياس، داوود، سليمان، صالح، عيسي و لوط (عليهم السلام) را روايت مي کند. در طرح کلي اين کتاب، داستان پيامبران بر حسب نام پيامبران، به ترتيب حروف الفبا آمده است.هر داستان شامل دو بخش مجزاست. بخش اول شامل نقل همه شواهد به تفکيک موضوع، و شرح و توضيح هر گروه از شواهد هم موضوع، با مراجعه به قرآن کريم و تفاسير است. بخش دوم تفسير داستان است. در اين بخش ابياتي که معني آن با توضيح اشاره هاي داستاني روشن نمي شود و معني مجازي و رمزي دارد، به ترتيبي که در بخش اول آمده است، مطرح مي شود و با استفاده از ديگر آثار مولوي، به خصوص مثنوي و نيز آثار عرفاني منظوم و منثور ديگر، اغلب متعلق به زمان هاي بيش از مولوي، تفسير مي شود.