جزيره‌اي اسرارآميز، نوانخانه‌اي متروك، مجموعه‌اي از عكس‌هاي عجيب و غريب، تمام اينها در مجموعه بچه‌هاي عجيب و غريب خانم پرگرين انتظار شما را مي‌كشند. تجربه‌اي فراموش‌نشدني از رماني همراه با تصاوير عجيب و غريب، درآغاز داستان، ماجرايي غم‌انگيز باعث مي‌شود تا جيكوب شانزده ساله راهي جزيره‌اي در آن سوي آب‌هاي ولز شود. آنجا بقاياي نوانخانه بچه‌هاي عجيب و غريب خانم پرگرين كشف مي‌كند. جيكوب پس از تماشاي اتاق‌ها و راهروهاي نوانخانه ، به اين نتيجه مي‌رسد كه شايد بچه‌هاي خانم پرگرين چيزي فراتر از بچه‌هاي عجيب و غريب بوده‌اند. شايد آنها خطرناك بوده‌اند، يا شايد آنها را بنا به مصلحت در چنين جزيره متروكي زنداني كرده بودند و شايد هم، هر چند باورش سخت است، هنوز هم زنده باشند...