جفرسن پس از اتمام کار نگارش بيانيه استقلال، به ويرجينيا بازگشت تا لوايح جديدي را در مورد جدايي دين از کشورداري تدوين کند.او در تلاش براي پايان بخشيدن به تشکيلات کليساي آنگليکن که عليه ساير اديان روشي تبعيض‌آميز در پيش گرفته بود، از نمونه‌هاي که ولتر و رساله‌هاي سياسي در بريتانيا از اسلام به دست مي‌دادند بهره برد تا باب مدارا با اديان را بگشايد. «دين يا وظيفه‌اي که ما به به خالق خود مديونيم و نحوه اجراي آن فقط با دليل و برهان قابل اجراست نه با زور و خشونت، پس همه افراد به طور مساوي در انتخاب دين و آئين، بنا به حکم وجدان خود، آزادند …» جفرسن در حال تشکيل حکومتي مستقل از استبداد سياسي بريتانيا و نحوه نگرش آن به دين و بر بنيادهاي عادلانه و ليبرال بود، «آزاد از همه قيودي که روحيه تعصب و تبعيض نظام‌هاي سياسي مستبد در هم تنيده است....