شهر اشباح داستان ماجراجويي‌هاي دختري است به نام چيهيرو. او و خانواده‌اش در مسير خانه‌ي جديدشان اتفاقي شهربازي متروکي را پيدا مي‌کنند و کنجکاوي پدر و مادر به اکراه دخترک مي‌چربد و گشت‌وگذارشان تا غروب خورشيد ادامه پيدا مي‌کند. با تاريکي هوا همه‌چيز عوض مي‌شود و چيهيرو در دنيايي عجيب و جديد گرفتار مي‌شود. او حالا بايد تلاش کند تا خود و خانواده‌اش را از اين دردسر نجات دهد.