يكي از دلايل تاسيس مدرسه حقاني، ضرورت وجود نظم و برنامه‌ريزي در حوزه‌هاي علميه بود. تا آن زمان، حوزه‌هاي علميه به شكل خودجوش اداره مي‌شدند و هيچ ارگان يا گروهي، مسئول نظم، برنامه‌ريزي و اجراي برنامه‌هايشان نبود. درواقع كارها به شكل فردي و زير نظر مراجع تقليد انجام مي‌شد كه البته اين خودش فوايد بسياري مثل بروز خلاقيت و پويايي طلاب را در پي داشت و همين متكي به فرد و خودجوش بودن، باعث شده بود در طول تاريخ، بر خلاف بسياري از ارگان‌ها و مراكز ديگر كه وابسته به دولت و حاكميت و حتي در مواردي، عامل و مزدبگير آن‌ها براي توجيه و شرعي‌كردن اقدامات ظالمانه حكومت بودند، حوزه‌هاي علميه، كاملاً مستقل از حكومت باقي بمانند...