در اعماق جنگل مرگ (محل برگزاري مرحله دوم امتحانات انتخابي نينجا)، ناروتو، ساسوكه و ساكورا همچنان در شوك حمله اوروچيمارو هستند... و اكنون بايد با دست‌نشانده‌هاي اين هيولاي بي‌رحم، نينجاهاي مرموز دهكده پنهان صدا، مبارزه كنند. در طول نبرد، ساسوكه با نيروي عجيبي كه در درونش ايجاد مي‌شود (كه ناشي از علامت نفريني است كه اوروچيمارو روي گردنش به‌جا گذاشته و مانند عفونت پخش مي‌شود) و ممكن است باعث مرگش شود، مبارزه مي‌كند... اين در حالي است كه زمان شاگردان نينجا براي جمع‌آوري طومارهايي كه براي قبولي در آزمون نياز دارند، رو به پايان است!