سال 2034 است. از حوادث وادنخا و ماموريت آرتيوم و همراهانش كه به نابودي موجودات تاريكي و زيستگاه‌شان منجر شد، يك سال سپري شده است. در آن سوي ديگر مترو، ساكنين ايبستگاه سواستوپولسكايا روزانه در حال دست و پنجه نرم كردن با تهديدات و مشكلات جورواجور هستند. سرنوشت ايستگاه‌شان به محموله مهماتي است كه رو به اتمام است. مفقود شدن كاروان‌هاي عازم به ايستگاه‌شان و قطع شدن خطوط ارتباطي با ايستگاه‌هاي ديگر هرچه بيشتر از قبل آن‌ها را به آستانه نابودي نزديك كرده است. براي حل اين مشكلات، گروهي كوچك به ماموريت اعزام مي‌شوند: احمد جوان، هومر پير كه روياي اديب شدن و جاودانه كردن بخشي از تاريخ را كه خود در آن زندگي مي‌كند در سر دارد، و در آخر شكارچي كه زماني در ميان موجودات تاريكي گم شده بود. ولي اكنون با هويتي جديد و غير منتظره به جمع انسان‌هاي مترو بازگشته است. در طول سفرشان، ساشا، دختر مردي تبعيد شده كه قبلا فرماندهي يك ايستگاه را بر عهده داشته، به آن‌ها ملحق مي‌شود. با كشف آثار يك بيماري مرگ‌بار كه در صورت گسترش يافتن، امنيت كل ساكنين مترو را به خطر خواهد انداخت، ماموريت اين گروه كوچك وارد فاز جديد و حياتي مي‌شود و در صورتي كه در انجام آن با شكست مواجه شوند، قربانيان ناكامي‌شان ديگر با ساكنين سواستوپولسكايا محدود نخواهد شد...