کتاب قلب کوکي درباره ليلي هارتمن دختر نوجوان سيزده‌ساله‌اي است که در يک مدرسه شبانه‌روزي در انگلستانِ عصر ويکتوريا زندگي مي‌کند . او از مدرسه‌اش متنفر است چون مدرسه مي‌خواهد دختران نوجوان را براساس معيارهاي جامعه تربيت کند درحالي که ليلي دلش مي‌خواهد زندگي سرشار از ماجراجويي را تجربه کند ، کتاب‌هاي جنايي بخواند و آن‌ طور که دلش مي‌خواهد زندگي کند . پدر ليلي مخترع بزرگي است!. او انواع آدم‌ها و ماشين‌هاي مکانيکي درست مي‌کند که مانند انسان‌ها احساس دارند و حرف مي‌زنند. بااين‌وجود او خودش را از همه پنهان کرده است. روزي پدر ليلي بر اثر سانحه‌اي ناپديد مي‌شود و زندگي ليلي بعد از آن تغيير مي‌کند. ابتدا از مدرسه اخراج مي‌شود و همراه قيّمش مادام ورديگريس به خانه مي‌رود ولي از آنجا فرار مي‌کند سپس توسط مرداني که چشمانشان نقره‌اي است تعقيب مي‌شود. در مسير فرار ليلي با پسر ساعت‌سازي به نام رابرت و روباه مکانيکي پدرش که مالکين نام دارد مأموريت پيدا مي‌کند که يک جعبه اسرارآميز را از دست مردان چشم نقره‌اي در امان نگه دارد. آن‌ها به منزل پرفسور سيلورفيش دوست پدرش پناه مي‌برند.